Bộ Tài chính vừa ban hành Thông tư số 94/2025/TT-BTC ngày 14/10/2025, văn bản này được xem là bước tiến điều chỉnh kỹ thuật nhưng có tác động thực tế sâu rộng tới doanh nghiệp, đặc biệt trong hoạt động hoàn thuế, khai thuế và đồng bộ dữ liệu định danh.
Thông tư số 94/2025/TT-BTC ngày 14/10/2025 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số nội dung quan trọng của Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và sửa đổi, bổ sung một số mẫu biểu của Thông tư số 40/2021/TT-BTC ngày 1/6/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập cá nhân (TNCN) và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
Trong những năm gần đây, cùng với quá trình chuyển đổi số quốc gia, lĩnh vực thuế ở Việt Nam đã có bước tiến mạnh mẽ trong việc hiện đại hóa công tác quản lý và minh bạch hóa dữ liệu. Tuy nhiên, sự thay đổi nhanh về mô hình tổ chức cơ quan thuế và các yêu cầu đồng bộ dữ liệu giữa các hệ thống vẫn đặt ra nhiều khó khăn cho cả cơ quan quản lý và người nộp thuế.
(Ảnh minh họa)
Theo quy định trước đây tại khoản 2 Điều 27 Thông tư 80/2021/TT-BTC, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư. Tuy nhiên theo quy đinh mới của Thông tư 94/2025/TT-BTC thì cơ quan thuế tỉnh/thành phố nơi người nộp thuế khai thuế GTGT của dự án đầu tư sẽ là cơ quan có thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Quy định này nhằm tập trung đầu mối xử lý, nâng cao chuyên môn hóa và giảm thiểu rủi ro sai sót trong quá trình xét duyệt hoàn thuế.
Đối với các cơ sở kinh doanh đang giải thể hoặc phá sản, cơ quan thuế quản lý trực tiếp vẫn chịu trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Điều này thể hiện sự linh hoạt trong quản lý, bảo đảm quyền lợi của doanh nghiệp trong các trường hợp chấm dứt hoạt động.
Về thông tin định danh cá nhân, Thông tư số 94/2025/TT-BTC yêu cầu bổ sung cụm từ “Định danh cá nhân” vào các trường thông tin có chứa cụm từ “CMND”, “CCCD”, “Chứng minh nhân dân”, “Chứng minh thư”, “Căn cước công dân”, “Thẻ căn cước”, “Giấy chứng minh nhân dân” tại các biểu mẫu về thuế GTGT, TNCN và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
Đặc biệt, các chỉ tiêu mới như [02a] và [05a] được bổ sung vào mẫu khai và quyết toán thuế đối với số định danh cá nhân.
Việc này đánh dấu bước chuyển đổi số mạnh mẽ trong hệ thống dữ liệu thuế, đồng thời đồng bộ với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư. Tuy nhiên, nó cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về bảo mật dữ liệu cá nhân và sự phối hợp giữa cơ quan thuế với doanh nghiệp trong việc cập nhật, xác minh thông tin người nộp thuế.
Đối với quy định chuyển tiếp hồ sơ hoàn thuế tồn đọng, theo Điều 4 Thông tư số 94/2025/TT-BTC, đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT được tiếp nhận trước ngày 01/01/2025 nhưng chưa được giải quyết xong sẽ tiếp tục do cơ quan thuế đang xử lý trước đó giải quyết đến khi hoàn thành.
Cách quy định này thể hiện tinh thần bảo đảm tính liên tục trong quản lý hành chính, tránh xung đột về thẩm quyền hoặc tái lập thủ tục gây thiệt hại cho doanh nghiệp.
Có thể thấy rằng, Thông tư số 94/2025/TT-BTC tuy có phạm vi sửa đổi không lớn nhưng lại tác động đến công tác quản lý thuế và hoạt động của doanh nghiệp, đặc biệt trong giai đoạn số hóa hệ thống thuế quốc gia, tạo nền tảng cho việc chuẩn hóa quy trình hoàn thuế và khai thuế điện tử, đồng thời giảm tải thủ tục hành chính nhờ việc phân định rõ thẩm quyền. Doanh nghiệp sẽ được hưởng lợi từ cơ chế thống nhất, minh bạch và hạn chế tình trạng “đùn đẩy trách nhiệm” giữa các cấp cơ quan thuế.
Để Thông tư 94/2025/TT-BTC đi vào cuộc sống và phát huy hiệu quả, cần có sự phối hợp đồng bộ giữa cơ quan thuế và doanh nghiệp, cùng với việc hoàn thiện hạ tầng kỹ thuật công nghệ và hướng dẫn thực hiện rõ ràng, các doanh nghiệp cần chú ý:
– Cập nhập kịp thời các trường thông tin định danh cá nhân trong hồ sơ nhân sự, hợp đồng lao động và báo cáo thuế.
– Chủ động liên hệ xác nhận cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết hoàn thuế của dự án (nếu có) để tránh bị chậm do nộp không đúng cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết.
– Tăng cường kiểm soát bảo mật dữ liệu cá nhân, tuân thủ quy định về an toàn thông tin khi truyền dữ liệu, nộp hồ sơ khai nộp thuế điện tử.
ThS. Đinh Thảo Ly
